補体系は、体内に侵入した微生物と結合する一群のタンパク質で、30種以上の血清および細胞膜タンパクから構成されている。補体の活性化経路として古典的経路、レクチン経路、第２経路の３つがある。各経路はそれぞれ、病原体に結合した抗体、病原体に結合したマンナン結合性レクチン、病原体表面における補体成分C3の自己増殖的活性化、により開始する。いずれの経路で活性化が起こった場合でも補体成分C3の分解を経由してカスケード反応が進行する。補体系は、病原体をエフェクター細胞に認識されやすくし、病原体を融解し、炎症細胞を感染局所へ遊走する役割を担っている（図3）。　抗体に依存しない第２経路は無脊椎動物にも存在する起源の古い防御機構である。一方、古典的経路は抗体の出現以降に発生した防御機構と考えられる。また、古典的経路で生成されたC3bはフィードバック増幅機構として第２経路を活性化する。
　生体防御における補体の重要性は、補体成分を先天的に欠損するとさまざまな疾患に罹りやすくなることから明らかである。最も重要な補体成分であるC3を欠損すると易感染性となり、膠原病や血管疾患を発症する。古典的経路の成分であるC1、C4、C2の欠損も膠原病・血管疾患を発症する。また、調節タンパクであるC1 inhibitorや I因子を欠損すると、脈管神経症性浮腫や易感染性となる。
　補体の分解産物は特異的レセプターにより認識される。C3bを特異的に認識するCR1（complement receptor 1）は赤血球や貪食細胞に発現され、免疫複合体のクリアランスや貪食作用の促進に重要な役割を担う。B細胞はCR2を発現し、補体分解物の刺激を受けて増殖が促進される。CR3やCR4は菌体表面に固着した不活性型C3bを認識し、貪食作用を促進する。C5aに対するレセプターは貪食細胞やマスト細胞に発現され、遊走促進、貪食作用促進、脱顆粒促進の作用をもつ。
　このように、補体系は感染局所における病原体の排除と破壊にかかわる宿主のエフェクター細胞の活性化に重要な役割を担っている。